Migraine menstruelle et troubles digestifs : quel lien entre hormones et microbiote ?
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De nombreuses femmes migraineuses constatent que leurs crises de migraine reviennent particulièrement au moment des règles, voire uniquement à ce moment du cycle. Ces crises sont souvent plus douloureuses, et plus difficiles à soulager. De nombreux paramètres peuvent influencer le déclenchement de ces migraines comme des dérèglements hormonaux. Mais si un déséquilibre hormonal peut jouer un rôle, les hormones n'agissent pas en vase clôt, d'autres fonctions du corps peuvent être impliquées.
En cas de troubles digestifs chroniques tels que ballonnements, diarrhées ou constipations, douleurs abdominales... la santé digestive semble être une piste prometteuse pour la prévention des migraines cataméniales.
Liens entre migraines cataméniale et hormones
Qu'est ce qu'une migraine cataméniale ?
La migraine menstruelle, ou dite migraine cataméniale, se définit par une récurrence des crises de migraines à un moment précis du cycle menstruel, soit entre le 2 jours avant et 3 jours après l'apparition des règles.
En effet, cette période du cycle est particulièrement propice au déclenchement des crises à cause de plusieurs facteurs évoqués dans l'article Pourquoi les migraines surviennent pendant les règles ?
Parmi ces causes, on retrouve la chute hormonale, notamment les hormones stéroïdiennes telles que les œstrogènes et la progestérone.

Chez certaines femmes, l'amplitude de variation des œstrogènes en fin de cycle pourrait s'avérer plus importante et donc sensibiliser davantage à l'apparition de la migraine au moment des règles.
Pourquoi un déséquilibre oestrogénique pourrait favoriser les migraines menstruelles ?
Migraine et chute des œstrogènes
L'allostasie désigne une adaptation normale de l'organisme face à un stress physiologique qui permet de maintenir une certaine stabilité physiologique (homéostasie).
Une augmentation ou une chute brutale d'un ou plusieurs paramètres physiologiques augmente la charge allostatique et pourrait baisser le seuil de déclenchement de la crise de migraine.
Quelques exemples de paramètres physiologiques impliqués en rapport à des déclencheurs connus de la migraine :
pic d'adrénaline ou de cortisol en cas de stress
chute hormonale en fin de cycle menstruel
pic de glycémie ou au contraire hypoglycémie suite à une période de jeûne prolongé
Le concept de charge allostatique peut aider à comprendre pourquoi différents changements physiologiques peuvent, lorsqu'ils se cumulent, faire varier le seuil de déclenchement d'une crise migraineuse. (1). Cela permet notamment de comprendre pourquoi des modifications du sommeil, des horaires de repas ou du niveau de stress peuvent favoriser une crise chez certaines personnes migraineuses.
On peut alors comprendre qu'une chute hormonale importante puisse également être un facteur de risque majeur dans le déclenchement des crises.
Migraine et hyperoestrogénie
Il a été démontré que les taux d'œstrogènes et de progestérone étaient en moyenne plus élevés chez les patients migraineux pendant la majeur partie du cycle comparé aux personnes ne souffrant pas de migraine menstruelle.
Par ailleurs, selon certaines études, des taux élevés d'œstrogènes pourraient favoriser les migraines, notamment les migraines avec aura (2). Même si cela n'est pas encore bien établi, cela pourrait s'expliquer par l'effet d'excitabilité neuronale des œstrogènes lorsqu'ils se fixent aux récepteurs cérébraux (3).
Enfin, des taux élevés d'œstrogènes en début de périménopause ont été associés à une augmentation de la fréquence et de l'intensité des migraines autour des règles (4).
En résumé :
la migraine cataméniale est associée à une période du cycle où les hormones chutent brutalement
on retrouve des taux particulièrement élevés d'œstrogènes chez la femme migraineuse
des modifications physiologiques brutales ou importantes sensibiliseraient l'organisme à la migraine
En naturopathie, on recherche toujours la cause de la cause, ainsi, pour mieux prévenir la migraine, il serait important de comprendre ce qui peut favoriser les déséquilibres hormonaux chez certaines femmes.
Quels facteurs peuvent augmenter l'activité des œstrogènes ?
Tout d'abord il faut distinguer un taux élevé d'œstrogènes (augmentation du taux sanguin des œstrogènes ) et une augmentation de l'activité œstrogènique.
En effet, une hyperœstrogènie ne veut pas uniquement dire que le corps produit une trop grande quantité d'œstrogènes . Pour exemple, les perturbateurs endocriniens peuvent mimer l'effet des œstrogènes en se fixant aux mêmes récepteurs cellulaires, sans que le taux d'œstrogènes ne soit effectivement plus élevé.
Voici quelques déséquilibres fonctionnels qui peuvent favoriser une augmentation de l'activité œstrogènique chez la femme :
production et disponibilité augmentée
surpoids ou obésité
fonction ovarienne
Insulinorésistance / hyperinsulinémie
sensibilité aux œstrogènes
équilibre œstrogènes/progestérone
récepteurs
contexte inflammatoire et métabolique
exposition aux perturbateurs endocriniens
recirculation intestinale
déséquilibres du microbiote
constipation chronique
Ces déséquilibres n'agissent pas indépendamment les uns des autres mais s'entretiennent mutuellement pour la plupart.
Par ailleurs, il faut savoir que les œstrogènes circulants dans le sang sont normalement éliminés par l'organisme via les urines ou les selles. Cependant, une petite partie de ces œstrogènes destinés à être éliminés et présents dans l'intestin peuvent être réabsorbés et remis en circulation.

Ainsi, la quantité d'œstrogènes dans le sang n'est pas seulement influencée par leur production mais également par leur bonne élimination. Dans une situation normale, seule une petite quantité des œstrogènes est remise en circulation. Mais dans certains cas, il est possible que ce mécanisme soit perturbé. et peut conduire à une mauvaise élimination des œstrogènes, entraîner leur relarguage dans la circulation sanguine et une activité oestrogénique élevée.
L'influence du microbiote sur les migraines hormonales
Implication du microbiote dans la métabolisation des œstrogènes
Le microbiote est constitué de plus de 100 bilions de bactéries mais aussi de métabolites actifs produits par ces bactéries. Plus largement, le microbiome est un véritable écosystème qui joue un rôle important dans de nombreuses fonctions : immunitaires, énergétiques mais aussi hormonales.
Des études ont permis d'identifier un ensemble de bactéries intestinales capables de métaboliser les œstrogènes, qui constituent l'oestrobolome. Ces bactéries possèdent notamment un gêne qui permet de synthétiser l'enzyme β-glucuronidase. Cette enzyme agit comme de petits ciseaux qui permettent de déconjuguer les œstrogènes, favoriser leur réabsorption dans la circulation et les rendre de nouveau actifs (cf schéma "Cycle entéro-hépatique des oestrogènes").
Chez certaines personnes, l'activité des enzymes microbiennes impliquées dans la déconjugaison des œstrogènes peut être plus importante. Cette activité pourrait favoriser la réactivation des œstrogènes, participant ainsi à l'augmentation de leur disponibilité dans l'organisme.
Ainsi, un déséquilibre à l'origine intestinal via le microbiote, peut donc interférer avec l'équilibre hormonal impliquant les œstrogènes.
Enfin, les œstrogènes peuvent influencer la composition et l'activité du microbiote, tandis que le microbiote participe lui-même à leur métabolisme. Il existe donc une véritable communication bidirectionnelle entre système hormonal et écosystème intestinal qui s'entretiennent mutuellement et peuvent maintenir un cercle vicieux.
Impact plus large de la fonction intestinale sur la migraine
Cette interaction entre activité oestrogénique et microbiote n'est probablement pas le seul facteur impliquant la fonction intestinale dans l'augmentation de la sensibilité aux migraines.
Le microbiote est aussi un acteur majeur dans la production de sérotonine, notamment via l'absorption du tryptophane (un acide aminé précurseur de la sérotonine et présent dans les aliments protéinés). La composition du microbiote influence la disponibilité du tryptophane. Le système sérotoninergique joue également un rôle important dans la migraine et dans la modulation des effets des œstrogènes (3).
L'intestin possède également son propre système nerveux (le système nerveux entérique), lui même relié au cerveau. Une altération de la barrière intestinale et une inflammation chronique peuvent également modifier les signaux transmis entre l'intestin et le cerveau. Certaines cytokines et molécules produites dans ce contexte peuvent notamment influencer les voies impliquées dans la sensibilité à la douleur.
Enfin, une activité oestrogénique importante favorise la prolifération des cellules de l'endomètre ce qui peut entraîner des règles abondantes et une diminution des réserves en fer. Or, le fer est un minéral qui intervient dans l'activité mitochondriale dont l'altération peut favoriser les migraines. L'anémie ferriprive a également été associé à la migraine avec aura (5).
On comprend alors pourquoi la santé intestinale peut constituer un axe intéressant à explorer chez les femmes souffrant de migraines menstruelles, en particulier lorsqu'elles présentent parallèlement des troubles digestifs.
En tant que naturopathe fonctionnelle, c'est un des leviers que j'utilise particulièrement pour aider les personnes que j'accompagne à mieux prévenir leurs migraines.
Cela ne signifie évidemment pas que toutes les migraines menstruelles ont une origine intestinale. La chute des œstrogènes reste un mécanisme important à considérer, mais la susceptibilité à cette variation hormonale dépend probablement de l'ensemble du contexte physiologique de la personne.
Voici quelques axes qu'il est possible de travailler lors d'un accompagnement en naturopathie fonctionnelle :
adopter une alimentation favorable avec un microbiote en eubiose
améliorer le transit afin de limiter la recirculation intestinale de certains composés destinés à être éliminés
rééquilibrer la population bactérienne de l'intestin grâce à des principes actifs issus des plantes
explorer les fonctions associées à une bonne santé intestinale : immunité, thyroïde, métabolisme énergétique, fonction détox...

Mélodie Tuquet
Naturopathe fonctionnelle
📒 Créatrice du Journal Migraine
Bibliographie
Borsook, D., Erpelding, N., Lebel, A., Linnman, C., Veggeberg, R., Grant, P. E., Buettner, C., Becerra, L., & Burstein, R. (2014). Sex and the migraine brain. Neurobiology of disease, 68, 200–214. https://doi.org/10.1016/j.nbd.2014.03.008
MacGregor, EA (2005). Hormones sexuelles féminines et migraine. Revue Neurologique , 161 (6-7), 677-678. https://www.em-consulte.com/article/105522/article/female-sex-hormones-and-migraine
Nappi, R. E., Tiranini, L., Sacco, S., De Matteis, E., De Icco, R., & Tassorelli, C. (2022). Role of Estrogens in Menstrual Migraine. Cells, 11(8), 1355. https://doi.org/10.3390/cells11081355
Kamourieh, S., & MacGregor, E. A. (2026). Perimenopausal migraine : a narrative review. Climacteric, 29(4), 507‑515. https://doi.org/10.1080/13697137.2026.2675559
Gür-Özmen, S., & Karahan-Özcan, R. (2016). Iron Deficiency Anemia Is Associated with Menstrual Migraine: A Case-Control Study. Pain medicine (Malden, Mass.), 17(3), 596–605. https://doi.org/10.1093/pm/pnv029




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